Situato sulla riva settentrionale del lago di Nemi, costruito negli anni '30 per ospitare gli scafi delle due imbarcazioni romane recuperate dal fondo del bacino lacustre, il Museo delle Navi Romane costituisce il primo esempio di struttura concepita appositamente in funzione del contenuto e condizionata da quest'ultimo nelle soluzioni architettoniche adottate.

L’opera viene inaugurata nel 1939 e l’architetto che la realizza è Vittorio Morpurgo, che si ispira per la sua realizzazione agli arsenali pontifici.
Il primo ad interessarsi alle navi di Nemi fu, intorno alla metà del XV secolo, il Cardinale Prospero Colonna, il quale affidò a Leon Battista Alberti l’ardua impresa.
L’artista utilizzò una grande zattera e grazie all'intervento di nuotatori genovesi recuperò alcune fistule in piombo, le quali permisero l’attribuzione delle imbarcazioni all’imperatore Caligola.
Quasi un secolo dopo, il 15 luglio 1535, il bolognese Francesco De Marchi fece un tentativo avvalendosi di una sorta di campana di legno munita di oblò in vetro, che proteggeva la parte superiore del corpo lasciando libere gambe e braccia e permettendo la respirazione.
De Marchi determinò le dimensioni dello scafo più vicino a riva e il suo stato di conservazione.

Nel 1827, a opera del Cavalier Annesio Fusconi, si riprese l'esplorazione del fondo del lago con una campana di Halley. Vennero recuperati pezzi di pavimento in porfido e serpentino, smalti, mosaici, frammenti di colonne metalliche, chiodi, laterizi e tubi di terracotta.
Il 3 ottobre 1895 un provetto palombaro individuò una delle navi e recuperò una bellissima testa di leone in bronzo. A condurre l'operazione fu l'antiquario Eliseo Borghi autorizzato dai Principi Orsini. Su indicazione dei pescatori, il 18 novembre, venne localizzata anche la seconda nave che conservava altro materiale.
Il recupero delle navi vere e proprie, avvenuto per volere del governo fascista, fu un'opera importante che richiese, in un tempo di quasi 5 anni (ottobre 1928 - ottobre 1932), l'abbassamento del livello del lago per mezzo di idrovore.
In seguito a quell'intervento, anche dopo il successivo riempimento del lago, il livello dell'acqua non tornò mai più ad essere quello originario.
er fare defluire le acque aspirate dalle idrovore fu utilizzato un preesistente emissario scavato nella roccia, risalente al VI secolo a.C. e restaurato proprio in occasione del recupero delle navi.

Le navi, di m 71,30 x 20 la prima e m 73 x 24 la seconda, furono quindi realizzate dall’imperatore Caligola: una era una lussuosa residenza da diporto, l’altra un tempio galleggiante dedicato al culto della dea Iside, che con la Diana Nemorense aveva caratteristiche comuni. È possibile che servissero anche per il NavigiumIsidi, un rituale che chiedeva alla dea egizia buoni auspici per l’inizio della stagione della navigazione.
Vennero affondate poco dopo la prima metà del I secolo d.C. a causa della damnatio memoriae che colpì l’imperatore e condannò all’oblio ogni bene a lui ricollegabile.
o scafo era in legno di pino ricoperto di piombo, sormontato da una tubatura in terracotta, un tavolato in quercia ed un pavimento marmoreo e sorreggeva ambienti chiusi, padiglioni, terme e templi. 

La notte del 31 maggio del 1944 un incendio doloso che coinvolse il Museo delle Navi Romane di Nemi distrusse i due capolavori di ingegneristica romana, ma anche da ciò che resta, attualmente esposto all’interno di un’ala della struttura, si evince la grandiosità di ciò che era. L’altra ala del Museo è dedicata ai rinvenimenti provenienti dall’area dei Castelli Romani e dal santuario di Diana Nemorense, di poco distante.

È visitabile ogni giorno dalle 09.00 alle 19.00